"Shinobi" basiert auf dem Roman von Futaroh Yamada und behandelt eine Liebesgeschichte zwischen einem Paar, das zwei verschiedenen Clans angehört. Als das Kampfverbot aufgehoben wird, müssen beide schwierige Entscheidungen fällen.

Gerüchten zufolge wollen die Wachowskis die Ninja-Story aber in ein moderneres Setting setzen - die Geschichte soll in ihrem Remake in der internationalen (Unternehmen-)Spionagewelt stattfinden.